（一）综合司。负责机关日常运转，承担安全、保密、信访、政务公开等工作。拟订对地方疾病预防控制机构业务工作监督检查和考核评价办法并组织实施。承担传染病疫情信息发布工作，承担科学普及、新闻宣传、健康教育与健康促进等工作。

（二）规划财务与法规司。组织拟订疾病预防控制中长期规划，承担疾病预防控制体系及信息化建设工作。承担机关和直属单位预决算、财务、资产管理、内部审计工作。组织起草法律、法规、规章草案和标准，承担规范性文件的合法性审核和行政复议、行政应诉、普法等工作。

（三）监测预警司。规划指导监测预警体系建设和完善传染病疫情网络直报系统，建立疫情信息通报和共享机制，指导医疗机构等落实传染病疫情信息报告责任。组织开展传染病疫情监测、风险评估，提出预警决策和启动应急响应建议。审核省级疾病预防控制局监测预警规划计划并指导开展相关工作。

（四）应急处置司。承担传染病疫情应急相关工作，组织编制预案并开展演练，承担应急体系、能力及队伍建设工作，提出相关应急物资储备品种、数量等建议，以及应急状态下物资需求和分配意见。审核省级疾病预防控制局应急预案并指导开展相关工作。

（五）传染病防控司。拟订检疫、监测传染病目录，提出法定传染病病种调整建议。拟订传染病相关公共卫生干预措施并组织实施，组织开展传染病防控效果评估。管理传染病医疗机构，指导医疗机构开展疾病预防控制工作。

（六）卫生与免疫规划司。拟订国家免疫规划并组织实施。组织预防接种服务体系及其信息系统建设工作，组织疫苗针对传染病防控的免疫效果评估。指导开展寄生虫病与地方病防控工作。拟订环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生管理政策并指导实施。拟订意外伤害相关预防措施。

（七）综合监督一司。承担医疗机构疾病预防控制监督工作，组织对医疗机构开展疾病预防控制工作的督导、检查和考核，依法组织查处传染病防治重大违法行为,指导建立疾病预防控制监督员制度。

（八）综合监督二司。承担公共卫生监督工作，组织指导地方开展职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督检查工作，依法组织查处公共卫生重大违法行为，完善卫生健康综合监督体系。

（九）科技教育与国际合作司（港澳台办公室）。承担疾病预防控制科研体系建设工作，拟订疾病预防控制科技发展规划及相关政策并组织实施。组织开展公共卫生相关专业技术人员继续教育工作，协同指导职责范围内的公共卫生教育。开展疾病预防控制领域的国际交流与合作、对外宣传、援外工作，组织传染病跨境联防联控工作，参与制定相关国际标准、规范、指南。开展与港澳台地区的交流与合作，承担机关和直属单位外事管理工作。

机关党委（人事司）。负责机关和在京直属单位党的建设和纪检工作，领导机关群团组织的工作,承担内部巡视工作。拟订疾病预防控制系统干部队伍、人才队伍建设的方针政策并组织实施。承担机关和直属单位的干部人事管理、机构编制、教育培训、离退休干部工作。机关党委设立机关纪委，承担机关和在京直属单位纪检、党风廉政建设有关工作。